Facturation d'un cabinet médical au Sénégal : honoraires, exonération de TVA et part IPM

Par Équipe MaFactureProSN · 10 avril 2026 · 8 min de lecture · Santé

Un cabinet médical ne facture pas comme un commerce. Pour un même acte, il y a souvent deux interlocuteurs et deux documents : le patient, qui règle son reste à charge, et un organisme, qui prend en charge le reste. La plupart des erreurs de facturation dans les cabinets sénégalais viennent de cette division, pas d'une complexité fiscale particulière.

La note d'honoraires : ce qu'elle doit porter

Que vous l'appeliez facture ou note d'honoraires, le document qui constate votre créance comporte :

• votre identité et votre qualité : nom, spécialité, adresse du cabinet ;
• le NINEA du cabinet ;
• l'identité du patient ;
• un numéro unique, séquentiel, sans trou ;
• la date de l'acte, et la date d'émission si elle diffère ;
• la nature de l'acte, décrite précisément : « consultation » seul ne suffit pas dès qu'un organisme intervient ;
• le montant, et la ventilation entre part prise en charge et reste à payer lorsqu'il y a un tiers ;
• la mention correspondant à votre situation au regard de la TVA.

La liste générale, avec les cas particuliers, est dans notre checklist des mentions obligatoires.

TVA : l'exonération des soins n'est pas un blanc-seing

Les prestations de soins médicaux figurent parmi les opérations exonérées de TVA au Sénégal. C'est la règle que tous les praticiens connaissent, et c'est celle qui produit le plus d'erreurs, parce qu'elle est lue comme « un médecin ne facture jamais de TVA ». Ce n'est pas ce qu'elle dit.

L'exonération porte sur l'acte de soin. Un cabinet qui exerce d'autres activités sort du périmètre pour celles-là. Les cas qui reviennent le plus souvent :

• les expertises médicales réalisées pour une compagnie d'assurance ou dans un cadre judiciaire, qui ne sont pas un acte de soin ;
• les actes à visée esthétique et non thérapeutique ;
• la location d'un local ou de matériel à un confrère ;
• les prestations de formation ou de conseil facturées à une structure.

Un cabinet qui mélange les deux natures dans une comptabilité unique se retrouve incapable de justifier l'exonération en cas de contrôle. La séparation se fait à la source, sur le document, pas après. Le périmètre exact de l'exonération se vérifie auprès de la DGID : il tient à la qualification de l'acte, et un article de blog ne qualifie pas un acte à votre place. Pour le mécanisme général de la taxe, voir le guide de la TVA à 18 %.

La part organisme et le reste à payer

C'est le cœur du sujet, et l'endroit où le secrétariat perd le plus de temps.

Quand un patient est couvert, l'acte se divise en deux : une part prise en charge par l'organisme et un reste à payer réglé par le patient, immédiatement, au comptoir. Le cabinet doit donc produire un document juste pour le patient, et un état recevable pour l'organisme, à partir du même acte.

Les organismes que rencontre un cabinet sénégalais

• Les IPM, Institutions de Prévoyance Maladie, rattachées aux entreprises : c'est la couverture la plus fréquente pour un salarié du secteur privé et sa famille.
• La Couverture Maladie Universelle et les mutuelles de santé communautaires.
• Les assurances santé privées, avec un tiers payant qui dépend de la convention signée.
• La Caisse de Sécurité Sociale, pour ce qui relève de l'accident du travail, de la maladie professionnelle et de la maternité, avec ses propres formulaires.

Les taux ne s'écrivent pas ici

Le taux de prise en charge dépend de l'organisme, du forfait souscrit et parfois de la nature de l'acte. Il figure sur la carte du patient ou dans la convention signée avec l'organisme. Nous n'en publions aucun : un pourcentage recopié dans un article devient faux au premier avenant, et c'est le patient qui découvre l'écart en payant.

Ce qui se dit en revanche sans risque : le taux doit être enregistré une fois, sur la fiche du patient, et non recalculé de tête à chaque passage. C'est cette saisie unique qui supprime la source d'erreur.

Le cabinet de groupe : une caisse, plusieurs praticiens

Dans un cabinet où plusieurs médecins exercent, chacun est responsable de ses propres honoraires et de sa propre déclaration, alors que l'encaissement se fait souvent à un guichet unique. Sans ventilation par praticien dès l'émission du document, la répartition se reconstitue en fin de mois, de mémoire et sur un cahier. C'est une reconstitution, pas une comptabilité, et elle ne résiste pas à un désaccord entre associés.

Régime fiscal et retenue à la source

Un médecin exerçant en libéral relève des bénéfices non commerciaux (BNC), avec les obligations comptables qui s'y attachent. Le régime précis dépend de votre situation et se détermine avec un comptable ou auprès de la DGID.

Un point mérite d'être connu avant la première facture adressée à une entreprise, pour une médecine du travail ou une expertise : celle-ci peut être tenue d'opérer une retenue à la source sur les honoraires versés et de la reverser à l'administration pour votre compte. Le montant reçu est alors inférieur au montant facturé, et il ne faut ni corriger la facture ni relancer : il faut réclamer l'attestation de retenue. Le mécanisme est détaillé dans facturation des professions libérales.

Numérotation et conservation, deux règles qui ne connaissent pas d'exception médicale

La numérotation des notes d'honoraires est continue. Un carnet à souche pour les patients de passage et un fichier pour les autres produisent deux séries, deux numéros 001, et une comptabilité impossible à reconstituer. Les trois situations qui créent ces trous sans mauvaise intention sont décrites dans la règle de numérotation.

La conservation des pièces comptables est de dix ans. Elle porte sur les documents financiers, à distinguer du dossier médical, qui relève du secret professionnel et de ses propres règles de conservation. Voir archivage et conservation des factures.

Ce que MaFactureProSN fait, et ce qu'il ne fait pas

Ce qu'il fait : le module santé tient une fiche patient portant l'organisme de prise en charge et son taux, enregistre les consultations et les rendez-vous, calcule le reste à payer à partir du taux enregistré et émet la facture de ce reste à charge, en portant la mention de la part prise en charge par l'organisme. La numérotation reste continue avec le reste de vos documents.

Ce qu'il ne fait pas : il ne remplit pas les formulaires propres à chaque organisme, il ne se substitue pas à la convention que vous avez signée avec lui, il ne qualifie pas vos actes au regard de la TVA et il ne tient pas le dossier médical au sens de la déontologie. Un outil supprime le recalcul de tête et le trou de numérotation. Il ne transfère pas votre responsabilité.

Questions fréquentes

Un médecin libéral sénégalais doit-il collecter la TVA sur ses consultations ?

Les prestations de soins médicaux figurent parmi les opérations exonérées. L'exonération porte sur l'acte de soin : une expertise pour un assureur, un acte esthétique non thérapeutique ou une location de matériel à un confrère ne relèvent pas du même traitement. Le périmètre exact se vérifie auprès de la DGID.

Comment facturer un patient couvert par une IPM ?

Le taux de prise en charge figure sur sa carte ou dans la convention conclue avec l'organisme. Vous établissez le document au tarif de l'acte, vous faites apparaître la part prise en charge et le reste à payer, et le patient règle ce reste. La part organisme fait ensuite l'objet d'un état adressé à l'IPM selon ses propres modalités.

L'IPRES rembourse-t-elle les consultations de mes patients salariés ?

L'IPRES est l'institution de retraite. Pour un salarié du privé en activité, c'est l'IPM de son entreprise qui assure la couverture maladie. Vérifiez la carte présentée avant d'adresser un état, un dossier envoyé au mauvais organisme revient impayé plusieurs semaines plus tard.

Faut-il un numéro de facture différent pour la part patient et la part organisme ?

Les deux documents ne servent pas la même chose : l'un constate ce que le patient doit, l'autre ce que l'organisme prend en charge. Ce qui compte est que chaque document émis porte un numéro appartenant à une suite continue, et que la somme des deux corresponde au tarif de l'acte.

Dans un cabinet de groupe, comment séparer les recettes de chaque médecin ?

En attribuant le praticien sur le document au moment de son émission, pas en fin de mois. Chaque médecin reste responsable de ses honoraires et de sa déclaration, quelle que soit l'organisation de l'encaissement.

Combien de temps conserver les notes d'honoraires ?

Dix ans pour les pièces comptables. Le dossier médical obéit à d'autres règles, qui relèvent du secret professionnel et non de la comptabilité.